Suunnitelmallinen kulkujärjestys huoneiden välillä sekä kasvihuoneiden ympäristön asfaltointi tai pitäminen lyhyenä nurmena on myös tärkeä osa ennaltaehkäisevää torjuntaa. Ulos johtavat oviaukot sekä osastojen väliset ovet on syytä pitää suljettuina aina kun mahdollista. Tuuletusaukkojen verkottaminen estää lentävien hyönteisten, esim. kirvojen, jauhiaisten ja ripsiäisten pääsyn niiden kautta sisään. Jos kasvustossa on voimakkaasti saastuneita kasveja, ne kerätään muovisäkkeihin ja hävitetään polttamalla tai kompostoimalla.

Ennen kasvihuoneen kemiallista desinfiointia rakenteet puhdistetaan ja vasta sen jälkeen ne käsitellään kasvinsuojeluaineella. Myös kasvien kasvuolosuhteet vaikuttavat niiden kykyyn puolustautua kasvintuhoojia vastaan. Viljelyteknisillä menetelmillä voidaan hidastaa tiettyjen tuholaisten määrän kasvua; esim. sumutuksella voidaan hillitä vihannespunkkien lisääntymistä. Etenkin kasvitautien torjunnassa kasvihuoneen ilmankosteuden ja lämpötilan säätely on tärkeää. Lajikevalinnalla pystytään myös vaikuttamaan kasvintuhoojien lisääntymis- ja kehittymismahdollisuuksiin.

Ympärivuotisen viljelyn myötä on tullut uusia ongelmia. Uudet tuholaiset, mm. aikaisemmin vain kesällä esiintynyt peltolude, on alkanut lisääntyä kasvihuoneissa myös talvella tehokkaan valotuksen seurauksena. Kurkun ja tomaatin härmä hyötyy myös valotuksesta. Toisaalta jatkuva härmäntorjunta rikittämällä puolestaan haittaa petopunkkeja ja jauhiaiskiilukaisia.